A través del grupo de investigación Complexus, del Departamento de Ingeniería de Sistemas e Industrial de la Universidad Nacional de Colombia, la profesora Sonia Monroy lidera proyectos de investigación y extensión desde el campo de la Complejidad y la Innovación.

Entre sus labores más destacadas, hay que mencionar su participación en la evaluación de propuestas del Premio Innova, del Ministerio de Comercio, Industria y Turismo, y en la asesoría para la definición de los lineamientos del Plan Estratégico 2014-18 del Ministerio de Tecnologías de la Información y las Comunicaciones.