Aunque no siempre se llamó Hospital de San Juan de Dios, y estuvo ubicado en distintos lugares de Bogotá, los inicios de esta institución se remontan al siglo XVI, cuando Felipe Segundo concedió licencia a la orden monástica de San Juan de Dios para que viajara a América a fundar hospitales.

En su consolidación y preservación, la Facultad de Medicina de la Universidad Nacional de Colombia ha tenido gran importancia, y durante décadas se encargó de las prácticas médicas y el desarrollo de la investigación.