El río Yotoco se encuentra en el municipio de Yotoco, en el departamento del Valle del Cauca, nace en la vertiente oriental de la cordillera Occidental y desemboca al marge izquierdo del río Cauca. De acuerdo con información obtenida por diversos autores y entidades de control ambiental regional, este municipio posee más del 70% de uso de suelo dedicado a actividades agropecuarias; y hasta el año 2016, se reportaron condiciones de calidad y cantidad hídrica desfavorables, en algunos casos asociándose a las actividades pecuarias en la subcuenca hidrográfica del río Yotoco. El objetivo de este este trabajo fue evaluar la calidad del agua del río Yotoco, con relación a la influencia de los sistemas productivos agropecuarios, para la formulación de una estrategia de gestión sobre la subcuenca hidrográfica del río. Para lograrlo, se georreferenciaron seis sistemas productivos pecuarios, y con base a esto se seleccionaron tres zonas con dos puntos de muestreo cada una, en donde se estimaron índices de calidad a partir de parámetros fisicoquímicos (ICA) y biológicos (BMWP/Col y ASPT). El ICA categorizó la calidad hídrica de todos los puntos como aceptable, en donde la variación estadística fue explicada por las variables sólidos suspendidos, turbidez, coliformes totales y pH; mientras que, BMWP/Col y ASPT fueron más sensibles indicando que, al tener menor diversidad de macroinvertebrados, la zona alta cuenta con agua fuertemente contaminada, mejorando esta clasificación en la zona media y baja; sin embargo, estas varían entre aguas moderadamente contaminadas hasta aguas sin contaminación. De esta manera se concluye que los sistemas productivos agropecuarios ubicados en la subcuenca hidrográfica del río Yotoco generan un impacto medio en la calidad hídrica de este río, pues a pesar de que no es recomendable su consumo sin un tratamiento previo y desinfección, esta es apta para el desarrollo de la vida acuática y para actividades agrícolas; adicionalmente, es necesario evaluar con más detalle otros componentes bióticos, abióticos y antropogénicos que podrían estar aportando a la contaminación hídrica del río.